Hoje iremos falar um pouco sobre os dados do GeoServer, e algumas dicas para aumentar a performance e também facilitar as atualizações de versãoes do GeoServer.
1. Usando um diretório de dados externo
Geoserver vem com seu diretório de dados dentro da sua própria estrutura. No entanto, é uma boa idéia de separá-lo. Usando um diretório dados externos é possível realizar upgrades de uma forma muito mais fácil, e não há risco das informações serem sobrescritas e perdidas, o que poderia trazer uma grande dor de cabeça. Um diretório de dados externa também torna fácil a transferência de sua configuração outro lugar, se assim for necessário. Para apontar para um diretório de dados externos, você só precisa de editar o arquivo web.xml, na propriedade GEOSERVER_DATA_DIR.
2. Usando banco de dados espacial
Shapefiles é o formato mais popular quando se fala em dados geoespaciais. Mas se você estiver utilizando o Geoserver em um ambiente de produção, é recomendável converter seus shapefiles para uma base de dados espaciais, tais como PostGIS. A maior parte das bases de dados espaciais fornecer ferramentas da conversão de shapefile. Embora existam muitas opções, PostGIS é o mais recomendado, porém Oracle, DB2 e ArcSDE também possuem esse suporte.
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Fonte: GeoServer Documentation