O BackupPC é um sistema que faz uma checagem dos arquivos que foram modificados, marca estes arquivos, e vê apenas as partes dos arquivos que foram alterados, gerando um diff e atualizando o arquivo. Com o diff, é possível regredir o backup. Na pior hipótese, caso seja perdido estes arquivos com o diff, você ainda terá o último backup completo.”
Ele ainda possui um front-end escrito em Perl, que roda via browser e faz todo o gerenciamento do backup diferencial e ainda por cima com o histórico!
Fonte: BR-Linux