A nossa versão do GeoServer (1.7.x) ainda não saiu, mas uma das grandes novidades será a parte de segurança por layer, ou seja, a partir dessa versão será possível que o administrador do GeoServer, configure as permissões que ele deseja para cada layer.
Se você ficou interessado em saber como será essa novidade, no site do GeoServer já possui um tutorial explicando passo a passo como você deve proceder para realizar esta configuração. Você pode então baixar a versão Beta 1 do GeoServer 1.7.0 e começar a brincar com essa funcionalidade.