A partir da versão 1.7.x o GeoServer fornece uma extensão a API REST através da qual os clientes podem configurar o Geoserver através de simples chamadas HTTP, ou seja, é possível configurar os dados no Geoserver programaticamente.
Para obter informações sobre como instalar a extensão REST e também ver exemplos da sua utilização você pode entrar nos links abaixo:
Fonte: GeoServer Documentation